按大的行业来讲，建安行业是营业税范围，但是若按具体发票项目，设计费改为增值税了。
依据如下：
财税[2013]37号文件规定：文化创意服务属于营改增范围，包括设计服务、商标、著作权转让服务、知识产权服务、广告服务和会议展览服务。
其中：设计服务，是指把计划、规划、设想通过视觉、文字等形式传递出来的业务活动。包括工业设计、造型设计、服装设计、环境设计、平面设计、包装设计、动漫设计、展示设计、网站设计、机械设计、工程设计、广告设计、创意策划、文印晒图等。
因此，建议你咨询一下专管员，问问他这种情况你们应该怎样操作。
关于营改增如何抵税的问题？
感觉楼上回答的有点乱啊。
首先，楼上旨在为楼主判断楼主的业务是不是属于营改增试点范围，如果不属于营改增试点范围，那么无论如何都不能抵扣增值税的，恰好楼上的结论是楼主的业务不属于营改增范围。
但是，是不是不属于呢？《关于“营改增”试点工作中的“应税服务范围注释”》里规定：货物运输代理服务，是指接受货物收货人、发货人的委托，以委托人的名义或者以自己的名义，在不直接提供货物运输劳务情况下，为委托人办理货物运输及相关业务手续的业务活动。
因此，楼主的业务应该是属于营改增试点范围的，收取和抵扣增值税发票是合理的。
另外，看楼主的意思，并不需要判断公司是否在应该增范围内，因为税务局已经给出了答案。“属于代理服务业，税率6%”，这个应该是在咨询税务局后得到的回复吧？是的话，那么公司属于一般纳税人，肯定可以抵扣进项税了，这个月进项税太多，抵扣不完的，可以递延到下个月再抵扣。
最后再给楼主一个参考：
接受交通运输业服务，除取得增值税专用发票外，按照运输费用结算单据上注明的运输费用金额和7%的扣除率计算的进项税额。进项税额计算公式：
进项税额=运输费用金额×扣除率
运输费用金额，是指运输费用结算单据上注明的运输费用（包括铁路临管线及铁路专线运输费用）、建设基金，不包括装卸费、保险费等其他杂费。
