一、土地增值税扣除金额没有土地出让金发票
合法，土地转让是不需要开具增值税发票的。目前税法只将国有土地使用权转让纳入征税范围，牵涉到的税种是营业税和所得税，集体土地转让隶属不征税范围，但在事实上操作中有征税的先例(小产权房)。
土地承包经营权转让事实上上未发生权属的转移(还是集体所有)，不征税。
二、土地增值额可扣除的税金
企业所得税汇算清缴时，如果是预缴的土地增值税，是可以税前扣除的----《国家税务总局关于印发〈房地产开发经营业务企业所得税处理办法〉的通知》（国税发[2009]31号）第十二条规定，企业发生的期间费用、已销开发产品计税成本、营业税金及附加、土地增值税准予当期按规定扣除。根据上述规定，房地产开发企业在项目清算前，按转让房地产取得的收入预缴的土地增值税，属于房地产企业发生的税金。预缴的土地增值税可在预缴年度税前扣除。
三、土地增值税扣除金额没有土地出让金发票怎么办
只有国土部门开具的财政性收据才是土地入帐的原始依据，也是确认土地原始成本的唯依据，其他的收据只能做为往来入帐。你可以找当地国土部门衔接下。
四、土地出让金怎么抵扣增值税
在这种模式下,房地产企业需要缴纳契税,印花税,其土地出让金可以在增值税计算中抵扣销售额,但拆迁补偿费、征收补偿款、开发规费不能抵扣。
根据规定，以现行契税政策，个人购买住房实行差别化税率。当个人购买普通住房，且该住房为家庭唯一住房的，所购普通商品住宅户型面积在90平方米以下的，契税按照1%执行;户型面积在90平方米到144平方米的，税率减半征收，即实际税率为2%;所购住宅户型面积在144平方米以上的，契税税率按照4%征收。购买非普通住房、二套及以上住房，以及商业投资性房产，均按照4%的税率征税。
五、土地增值税可以扣除土地出让金吗
房地产企业只是在计算和申报应交增值税时，按照规定扣除土地出让金，并不用什么票据哇！国税总局2016第18号公告：第四条 房地产开发企业中的一般纳税人（以下简称一般纳税人）销售自行开发的房地产项目，适用一般计税方法计税，按照取得的全部价款和价外费用，扣除当期销售房地产项目对应的土地价款后的余额计算销售额。销售额的计算公式如下：销售额=（全部价款和价外费用-当期允许扣除的土地价款）÷（1+11%）
六、土地出让金增值税抵扣 土地增值税扣除
土地使用权只能抵押，不能抵扣。 但是土地出让金可以扣除，也是不可抵扣的。 国税总局2016第18号公告，"适用一般计税方法计税，按照取得的全部价款和价外费用，扣除当期销售房地产项目对应的土地价款后的余额计算销售额。”