一、最新金税三期个人所得税系统中申报了个税，但扣缴税时提示没有签订三方协议。
根据国家税收政策和扣缴单位实际情况，“金税三期个人所得税扣缴系统”（以下称“金三个税客户端”）会进行优化和升级。因为该系统自带后台自动升级更新功能，如果出现了新的版本，扣缴单位不需要重新下载安装，打开软件后系统会自动进行更新升级。
扣缴单位使用“金三个税客户端”申报后，可以查询到已经申报的数据。扣缴单位还可以通过主页面中的查询统计功能进行数据统计，通过查询统计功能可以进行申报明细查询、申报情况查询、扣缴报告表查询、个人收入统计及分项目分税率统计等。
（1）申报明细查询功能主要针对纳税人查询其申报的项目与金额等详细情况。系统提供了多种查询条件，可以按申报月份、姓名、证照类型、证照号码、所得项目、申报表等条件进行单独或是组合式的查询。不设置查询条件的情况下默认查询所有申报情况。
（2）申报情况查询功能主要用于查询扣缴义务人的申报情况。扣缴义务人某一所得月份已生成了报告表，那么该月份的报表就能在本功能中进行查询。
（3）扣缴报告表查询功能主要用于查询扣缴义务人的申报状态。扣缴义务人某一所得月份已生成了报告表，那么该月份的报表就能在本功能中进行查询。
（4）个人收入统计功能主要用于查询个人的收入和纳税情况，随需导出或打印出各种个人收入纳税明细表，便于您索取完税证明，或根据员工需要打印。
（5）分项目分税率统计主要功能为自动生成分所得项目分税率的汇总申报表，用于打印留存或提供给税务局。
扩展资料
根据《国家税务总局关于调整个人取得全年一次性奖金等计算征收个人所得税方法问题的通知》（国税发【2005】9号）规定，全年一次性奖金申报，每人每个纳税年度只允许申报一次。当发生全年一次性奖金时，通过【工资薪金】项目下的【全年一次性奖金收入表】进行申报。当个人没有全年一次性奖金时，应避免零申报，否则系统会默认为已经申报，造成当年实际取得一次性奖金时，无法再行申报。
因为国家工资制度改革的原因，单位补发给职工个人数月的工资收入，可以还原到所属月份计算税款。由于目前“金三个税客户端”软件带有一般性的自动计算功能，对于上述特殊计算方法的税款，无法通过“金三个税客户端”直接填写申报，需要扣缴单位到办税服务厅办理纳税申报。
参考资料来源：百度百科-三方协议
个人所得税根据不同的征税项目，分别规定了三种不同的税率：
工资、薪金所得，适用7级超额累进税率，按月应纳税所得额计算征税。该税率按个人月工资、薪金应税所得额划分级距，最高一级为45%，最低一级为3%，共7级。
个体工商户的生产、经营除按20%征税外，应纳税所得额超过2万元至5万元的部分，依照税法规定计算应纳税额后再按照应纳税额加征五成；超过5万元的部分，加征十成。”
同样问题
申报可以，自动扣款不成。
可1月份之前一直是自动扣款的。
你最后怎么解决的呢？
二、金税三期全面运行对个税有什么影响
随着营改增在全国范围内推行，个人所得税作为地方税务局主要税源之一，亦将成为各地税务机关未来加强征收管理及稽查的重点。可以预见，在金税三期全面上线以后，税务机关对提交的个人所得税申报表审核将趋于严格。我们强烈建议企业评估金税三期系统的具体影响，并且采取行动应对上述管理变化，尤其是如下关键点：
1.公司相关负责人员是否了解金税三期申报系统及其申报要求的变化;
2.公司是否可以获得雇佣人员详情，并进行有效的管理，例如追踪外籍人士在华天数;
3.雇佣收入(例如境外收入、境外社会保险、不符合条件的免税福利等等)是否按照规定申报了个人所得税;
4.公司是否就免税福利申请建立了合理的内部管理流程(例如福利政策)，并采取严格的内部控制;
5.公司内部是否有足够的资源来收集支持性数据/材料来支持其税务处理。
三、金税三期个税代理设置用户名和密码是多少
个人所得税根据不同的征税项目，分别规定了三种不同的税率：
工资、薪金所得，适用7级超额累进税率，按月应纳税所得额计算征税。该税率按个人月工资、薪金应税所得额划分级距，最高一级为45%，最低一级为3%，共7级。
个体工商户的生产、经营所得和对企事业单位适用5级超额累进税率。适用按年计算、分月预缴税款的个体工商户的生产、经营所得和对企事业单位的承包经营、承租经营的全年应纳税所得额划分级距，最低一级为5%，最高一级为35%，共5级。
比例税率。对个人的稿酬所得，劳务报酬所得，特许权使用费所得，利息、股息、红利所得，财产租赁所得，财产转让所得，偶然所得和其他所得，按次计算征收个人所得税，适用20%的比例税率。其中，对稿酬所得适用20%的比例税率，并按应纳税额减征30%；对劳务报酬所得一次性收入畸高的，除按20%征税外，应纳税所得额超过2万元至5万元的部分，依照税法规定计算应纳税额后再按照应纳税额加征五成；超过5万元的部分，加征十成。”