无保留意见的审计报告是最普通的审计报告。据国外文献统计，注册会计师出具的审计报告90%以上都是无保留意见的审计报告，我国的比例可能低一些，主要与企业的质量有关。如果注册会计师认为会计报表符合合法性与公允性，没有在审计过程中受到限制，且不存在应当调整或披露而被审计单位未予调整或披露的重要事项时，应当出具无保留意见的审计报告；在决定出具无保留意见的审计报告时，如果认为审计报告不必附加任何说明段、强调事项段或修正性用语，注册会计师应当出具标准无保留意见的审计报告，即标准审计报告。
保留意见适用于被审计单位没有遵守国家发布的企业会计准则和相关会计制度的规定，或注册会计师的审计范围受到限制。只有当注册会计师认为会计报表就其整体而言是公允的，但还存在对会计报表产生重大影响的情形，才能出具保留意见的审计报告。如果注册会计师认为所报告的情形对会计报表产生的影响极为严重，则应出具否定意见的审计报告或无法表示意见的审计报告。因此，保留意见的审计报告被视为注册会计师在不能出具无保留意见审计报告的情况下最不严厉的审计报告。
只有当注册会计师确信会计报表存在重大错报和歪曲，以至会计报表不符合国家发布的企业会计准则和相关会计制度的规定，未能从整体上公允反映被审计单位的财务状况、经营成果和现金流量，注册会计师才出具否定意见的审计报告。注册会计师应当依据充分、适当的证据，进行恰当的职业判断，确信会计报表不具有合法性与公允性时，才能出具否定意见的审计报告。据文献统计，注册会计师很少出具否定意见的审计报告。
只有当审计范围受到限制可能产生的影响非常重大和广泛，不能获取充分、适当的审计证据，以至无法确定会计报表的合法性与公允性，注册会计师才可出具无法表示意见的审计报告。无法表示意见不同于否定意见，它仅仅适用于注册会计师不能获取充分、适当的审计证据的情形。如果注册会计师发表否定意见，必须获得充分、适当的审计证据。无论无法表示意见还是否定意见，都只有在非常严重的情形下采用。
在某些情况下，注册会计师可能通过增加一个强调事项段修正审计报告，而该事项在会计报表中得到更详细的披露和广泛的讨论，增加这一强调事项段并不影响审计意见。因为从理论上讲，在意见段之后增加强调事项段，并不对会计报表构成任何保留，也不影响审计意见的类型，只是增加信息含量，提请会计报表使用者关注。遗憾的是，某些会计师事务所为了满足上市公司的要求或屈从于客户压力，随意改变审计意见的性质，或将本应发表审计意见的事项仅仅作为强调事项加以说明，以此达到既不得罪客户、又不承担法律责任的目的。因此，审计准则只规定存在持续经营能力问题或其他重大不确定事项时，注册会计师才应当或应当考虑增加事项段。《独立审计具体准则第17号——持续经营》中对持续经营问题作了详细规定，不再赘述。关于不确定事项，是指其结果依赖于不在被审计单位的直接控制之下但可能影响会计报表的未来行动或事项。当不确定事项符合以下条件时，即使会计报表附注已作充分披露，注册会计师也应当考虑在审计报告中增加强调事项段：（1）很可能的不确定事项（对应的概率区间是大于50%但小于或等于95%），并且是重要的；（2）可能的不确定事项（对应的概率区间是大于5%但小于或等于50%），并且是极为重要的。
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