新办法实施后高新技术企业管理上存在哪些涉税

第一，高新资格认定和复审未通过无法继续享受税收优惠

《高新技术企业认定管理办法》和《工作指引》对高新技术企业在知识产权、高新技术领域、研发费用、高新收入、人员、研究开发组织管理水平、科技成果转化能力等方面均设置了严格的条件，随着主管机关在实践中对高新技术企业标准日趋严格，尤其是对企业在核心技术和自主研发方面的要求不断提高，企业在高新资格认定和复审过程中面临着很大的未通过的风险。

第二， 未通过税务备案的风险

由于税务机关对企业的实际情况颇为了解，其在企业申请减免税备案时，往往会根据企业申报备案提供的资料以及其多年来掌握的企业涉税情况，认真核实企业的各方面资质是否确实满足高新技术企业的要求。在税收任务日趋繁重的情况下，税务机关将在企业减免税备案方面加大审核力度，这客观上加大了企业税务备案的难度和不确定性，同时也加剧了企业未通过税务备案的风险。

第三，在有效期内高新检查的风险

2013年年初，科技部、财政部、国家税务总局联合下发《关于开展高新技术企业认定管理工作检查的通知》，拟在全国范围内开展对高新技术企业认定管理工作的检查，相较于以往年度财政部、审计署等部门单独开展的针对某些区域的高新技术企业的专项检查、抽查工作，本次联合检查标志着主管机关在高新检查的检查方式、检查范围、检查力度等方面达到的新高度。在经济增速回落、市场需求不足、结构性减税等因素的影响下，上述文件的出台绝非偶然，在宏观经济没有明显的好转的情况下，未来几年高新检查的严峻趋势仍将持续。因此，尚处有效期内的高新技术企业面临的高新检查风险空前。

第四，高新资格被撤销需补缴税款的风险

由于相关规定对高新技术企业在诸多方面均设置了严格的条件，为享受高新技术企业的税收优惠，有的企业在申报过程中采取了一些变通的做法，甚至提供了部分不实资料。随着高新资格检查的力度增强，在后续频繁的检查过程中，上述不符合条件的企业将面临着很大的高新资格被撤销的风险。

如果企业的高新资格被撤销，以前年度享受的高新税收优惠都会被税务机关后续如数追回，此外还需缴纳相应的滞纳金。通常而言，企业累计享受的税收优惠数额加上每日万分之五的滞纳金，将是一笔非常可观的数目。因此，高新资格的后续维持对企业的持续经营而言至关重要，一旦企业的高新资格被撤销，将面临着后续在指定期限内补缴高额税款和滞纳金的风险。

第五，五年内不得申请高新，按25%税率纳税

根据《认定管理办法》的规定，被取消高新技术企业资格的企业，认定机构在5年内不再受理该企业的认定申请。对于盈利能力较强的科技企业而言，五年内不得申请高新是一笔巨大的经济损失，因而五年内不得申请高新亦是企业需要高度关注的风险之一。

第六，上市及拟上市公司的特别税务风险

高新资格对于上市公司的声誉、品牌、核心竞争力和业绩而言均具有特别的意义。通常而言，上市公司或其控股子公司通过高新资格认定或复审将构成重大利好消息，公司业绩预计将有较大幅度的增长，股价也随即将在多个交易日持续上涨。相反，上市公司如果发布重大补税公告，亦将给上市公司带来不可估量的损失，如深陷“伪高新门”的贝因美。