题主，且不论代理记账公司如此操作的财务税务风险，但是5000/年的代理费用，已属价格不菲，明显题主已经走入掉坑的第一步，小规模纳税人市场上代理记账费用平均300/月，而且在一线城市更加便宜。
根据题主提供的背景资料，与题主合作的代理记账公司操作的税务风险不存在的或者是可控制的，但是代理记账公司如此做法，会徒增企业的税务成本，并没有为题主考虑纳税筹划，降低题主的纳税成本，建议题主考虑要更换代理记账公司。接下来我们详细分析代理记账公司的无能力履职或者不规范负责履职的行为。
税务风险点，题主通过对公账户收款，但是不开具发票，很可能被税务局稽查认定为逃税行为，作为代理记账公司有义务告知对方此种操作的法律与税务风险，但是幸好时间不长，财务上可以处理为预收账款，建议与代理记账公司沟通，是否开票或者将基本户的收款转出去，合理合法避税。
代理记账财务人员要每月与被代理记账公司联系，确认是否发生收入费用，是否涉及员工工资社保，银行回单及对账单记录等。
根据题主描述，代理记账公司三个月未与其联系，所以代理记账公司增值税及附加及企业所得税是以题主所说的VPDN账户开票为依据，税务申报方面没有问题，起码短时间内没有问题，除非出现上述讨论的税务风险点，但是代理记账公司如此操作，明显没有形成纸质账务资料，不知后期移交给题主时如何处理。
增值税及附加税的申报是以月或者季度为期限申报，而且国家有税务优惠政策，代理记账公司明显没有为题主考虑纳税筹划，题主本可以根据国家优惠政策，将发票开具到不同的月份，不交税或者少交税，但是题主明显不了解此政策，代理记账公司几个月未与其联系，肯定也没有告知。而且不与楼主确认费用发生情况，可能使题主的企业所得税增加。
而且不与题主确认银行账户，万一题主企业银行的纳税户没钱或者钱不足以缴纳税务申报税款，延迟缴纳税款的后果，谁来承担？
总而言之，为题主服务的代理记账公司，是一家不规范的代理记账公司，基本的账务处理能力不具备，更何谈为题主纳税筹划，可以将题主所遇到的代理记账公司定义为黑代理。
最后，代理记账行业鱼龙混杂，小型企业选择代理记账公司首先要选择具备代理记账许可证的代账公司，而且要对负责你账务的财务人员水平进一步考证。
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