可能是以下原因之一：
1、两处或两处以上工资
在系统进行个税申报时，每处工资均进行5000元/月的费用扣除，汇算清缴只能扣除一个5000元/月。费用平常多扣了，汇算清缴可能会补税。
2、中途离职
我们知道个税是累计预扣预缴，如果出现离职，由于扣缴义务人发生变化，原单位的申报累计数并不会转到新单位，新单位的申报数据和算税只累计本单位发的工资进行。比如某人8月离职，其1—8月收入每月2万，累计16万，适用税率10%，离职后新公司月收入也是2万。如果不离职，其9月份的工资个税税率为20%（14.4—30，20%），由于申报数据换公司后系统不计入新公司，离职后新单位2万的工资单独算税，税率3%（0—3.6），到12月税率为10%（3.6—14.4，10%）。此种情况，汇算清缴会补税。
3、被人挂名发工资
这个和两处及多处发工资一个道理，也可能涉及补税。
小微企业被税务局要求补交企业所得税和滞纳金，为什么？
好巧啊，应纳税所得额290万，有被人为调节的可能我们知道，满足条件的小型微利企业（同时满足年应纳税所得额不超过300万、人数出超过300人、资产总额不超过5000万，且该企业不为国家禁止行业。），所得税可享受优惠政策（政策执行期间2019年1月1日至2021年12月31日）。具体优惠政策如下：
1、年应纳税所得额不超过100万元，企业实际所得税税率为5%；
2、年应纳税所得额超过100万元且不超过300万元的部分，企业实际所得税税率为10%。
如果年度应纳税所得额超过300万元，则企业所得税税率为25%。
因为上述优惠政策的原因，企业年度应纳税所得额为290万，再有10万多就享受不了所得税优惠政策了。考虑到该原因，290万的应纳税所得额，有可能是人为调整形成。
税局不认定为该企业为小微企业从提供的内容看，该企业的资产和员工人数距离超过小微企业条件还有一大段距离，当然也不除是资产和人员调节的可能，但个人认为这个可能很小，可以忽略。最大的可能是，290万的数据是被调整了。
当然，这个调整可能是老板授意，也可能是财务自己所为。具体原因我们不探讨！
个人判断，税局根据企业的毛利率、行业数据、1-3季度以及企业历史数据等，认为290万是调节后的数据的可能性很大，然后进行稽查，经过稽查和相关客观证据，从而认定290万是调节后的数据，企业实际的应纳税所得额高于300万元。因此，认为企业不符合小微企业的标准，从而要求补税并缴纳滞纳金。
企业的财务错在哪不好说错在哪，但是可以从以下进行思考：
1、如果财务调整的数据大大低于290万，比如低于250万呢？
2、企业第四季度的费用、成本是否大幅增加，大大高于同期，与前三季度比较有不合理性
3、如果财务的调整，都靠客观数据和企业所得税法调整，即使290万被稽查后，也会没问题
4、能否对全年的应纳税所得进行预判呢？如果预判后，能够提早进行相关动作呢？
5、其他，不多说了。
